El Departamento de Medicina deportiva del IND se ocupa de la salud de los atletas federados, academias y Escolares protagonistas de Juegos escolares nivel primario, secundario e Intermedios. La atención que se brinda está enfocada en la prevención y atención de lesiones deportivas y toda acción que tenga el fin de proteger la salud de los deportistas.

Compete al departamento de Medicina deportiva promover la protección en la salud de los atletas mediante acciones de prevención en, tratamiento médico y la rehabilitación física, para lo cual cuenta con un médico especialista en Medicina Física ¬y rehabilitación, Fisioterapeutas con experiencia en la atención de lesiones deportivas y una gama de equipos necesarios para la rehabilitación.